در این آزمایشگاه مواد غذایی،محصولات آرایشی و بهداشتی و مواد اولیه آنها از نظر میکروبیولوژیکی مورد آزمون قرار می گیرند.
در این آزمونها وجود و تعداد میکروارگانیسم ها، کپکها، و برخی پاتوژن ها (باکتری های بیماری زا) مورد بررسی و آنالیز قرار می گیرد و با توجه به حدود مجاز تعریف شده از طرف سازمان ملی استاندارد و سازمان غذا قابل مصرف بودن یا نبودن آنه مشخص می شود.
لازم به ذکر است که میکروارکانیسمها از جمله کپکها از مواد فوق به عنوان مواد غذایی خود استفاده کرده، باعث تغییر و تحولات در محصول شده و با تولید مواد جدید موجب فساد فراورده می کردند.
گاهی نیز میکرو ارگانیسم ها خود از عوامل بی ماری زا بوده مصرف مستقیم آنها (ار طریق فراورده های غذایی) می تواند سبب مسمومیت غذایی و بیماری گردد.
برخی دیگر از میکرو ارگانیسم ها در فراورده تولید توکسین (سم) کرده که این سم موجب عوارض حاد یا مزمن در مصرف کننده می شود.